رجایی بارها افرادی را برای تصدی وزارتخانه های بدون وزیر پیشنهاد کرد، اما رئیس جمهور یا به نامه‌ها پاسخ نداد و یا صلاحیت آن افراد را بدون آوردن دلیل، رد کرد. از جمله این نامه ها معرفی میرحسین موسوی برای تصدی وزارت امور خارجه و سپس معرفی شش تن به عنوان وزیر امور خارجه است اما بنی صدر جوابی به آن ها نداد. ۳ اسفند سال ۵۹با اعلام اعتصاب سه روزه یکی از نمایندگان آبادان به خاطر عدم تکمیل کابینه، مجلس به دو وزیر معرفی شده از طرف بنی صدر رأی می دهد، اما کماکان وزیر امور خارجه تعیین نمی‌شود. شهید رجایی قصد داشت میر حسین موسوی، سردبیر وقت روزنامه جمهوری اسلامی، را به عنوان وزیر خارجه به مجلس معرفی کند، اما بنی صدر زیر بار نرفت. شهید رجایی نیز گزینه دیگری پیشنهاد نکرد و تا روز آخر ریاست جمهوری بنی صدر و در گرماگرم جنگ ایران و عراق کرسی وزیر خارجه در دولت خالی بود و رجایی خود سرپرستی وزارت خارجه را بر عهده گرفت و به نیابت از خود بهزاد نبوی را گماشت. بلافاصله پس از برکناری بنی صدر، شورای موقت ریاست جمهوری میرحسین موسوی را به عنوان وزیر خارجه به مجلس معرفی کرد تا کشور بیش از آن از نبود رییس دستگاه دیپلماسی آسیب نبیند.