О ведении реестров и их качестве, вот, например, федеральный информационный реестр гарантирующих поставщиков и зон их деятельности [1] который ведёт ФАС России. Как оценить его качество? Как убедиться что он доверителен?

Это маленький реестр, не такой "жирный" как реестр СОНКО, в нём всего 675 организаций, а не десятки тысяч, но этот реестр также ведётся в электронном виде и только в Excel, где и публикуется на сайте ФАС России.

Критерии проверки качества ведения любого более-менее осмысленного реестра прорастают из критериев качества его проектирования и целей.
В общем случае реестр должен быть:
1. Достоверным - информация в реестре должна соответствовать действительности
2. Полным - включать все необходимые сведения и все необходимые объекты учёта (в зависимости от того что это за реестр)
3. Актуальным - сведения в реестр должны быть актуальны, идеально, на момент просмотра, допустимо на срок установленный его регламентом.
4. Доступным/Открытым - если иное не предусмотрено законодательством (что для реестров редко, обычно они открыты)
5. Учётным - записи реестра должны иметь сроки давности, уникальные номера, должны хранится сведения о исключённых записях, о изменениях и причинах изменений.

Каждый из этих критериев можно декомпозировать когда мы начинаем проверять конкретный реестр:
1. Достоверность
Внесённые сведения должны быть достоверны, а это означает что, например, для реестра организаций проверка достоверности начинается с кросс-сопоставления с эталонными справочниками, в базовом виде с ЕГРЮЛ, в расширенном, это когда известны другие справочники содержащие актуальные сведения.
Самые базовые проверки: валидность ИНН и ОГРН, например, в случае реестра ФАС, только 2 значения ОГРН невалидны, валидны все значения ИНН, но и там и там, далеко не все значения в колонках ИНН и ОГРН заполнены. Из 675 записей у 132 нет значений ОРГН и у 277 нет кода ОГРН. Это относится частично к достоверности данных и частично к проверке на полноту.
Проверка на достоверность также предполагает сверку сведений того что ИНН и ОГРН приведены именно той организации, а не ИНН одной и ОГРН другой, на соответствие названия организации её названию в ЕГРЮЛ, точности указания адреса и так далее. Это всё ещё базовый набор правил проверки достоверности сведений. Более расширенные проверки включают проверку достоверности внесенных адресов, контактов и тд.

2. Полнота
Полнота данных включает как полноту заполнения сведений, так и полноту самого реестра. В первом случае это пример приведенный выше когда не все записи в колонках ОГРН и ИНН, но и колонки с телефонами организаций заполнены лишь на 54%, а email адресов на 45%.
И так далее по каждому пункту.
Сам реестр формируется на основании поступивших в ФАС распоряжений регуляторов в субъектах федерации, проверка полноты здесь, возможна только вручную проверкой региональных НПА. К счастью, реквизиты этих НПА указаны, к несчастью, не всегда корректно и без ссылок на опубликованные документы.

3. Доступность/Открытость
Это, в первую очередь, проверка формата публикации. В данном случае - это Excel файл, но в основном он нужен органу власти для понимания области его регулирования. В случаях когда ведение реестра создаёт какую-либо финансовую ответственность или, например, используется банками как реестр СО НКО, то он нужен в XML или CSV формате для загрузки во внутренние системы того же банка и требуется API для работы с этими данными для получения актуальных сведений. Например, так устроен реестр ФИАС [2] и многочисленные общедоступные реестры ФНС России

4. Учетность
Проверка реестра на то насколько он является учётной системой - это, проверка регламента и интерфейса системы. Большая часть госорганов с публичными реестрами не заморачиваются и ведут их как Бог на душу положит. Плохо ведут в общем. Исключение ФНС России, и те органы власти для которых публикация реестра - это лишь продолжение внутренней системы где он ведётся.