زمانى که در سال ۱۳۶۰، منافقین علنا مبارزه مسلحانه علیه نظام جمهورى اسلامى را اعلام کردند، آیتاللّه قدوسى با بسیج نیروها و امکانات به تعقیب سرکردگان و اعضاى گروهک اقدام کرد و عرصه را به اندازهاى به آنان تنگ کرد که سرکردگان گروهک مجبور به فرار از کشور شدند.
به گزارش فراق، آیتالله علی قدوسی دادستان کل انقلاب اسلامی در نیمه شهریور ۱۳۶۰ طی عملیات تروریستی منافقین به شهادت رسید. شهید قدوسى طى دوره مسئولیتش به عنوان دادستان کل انقلاب، همواره با منافقین درگیر بود ....